Os rapinantes são aves complexas e que podem ser acometidas por diversos problemas, inúmeras são as doenças que acometem o sistema digestório, tendo os agentes infecciosos como bacterias, fungos, parasitos e até mesmo vírus que afetam o trato digestivo das aves nativas e exóticas, sejam como agentes primários ou secundários. Neste contexto, existem formas de identificação, seja por avaliação clínica ou exames complementares como exames fecais, microbiológicos e hemogramas para direcionamento diagnóstico, no entanto, muita das vezes não são possíveis de determinar fidedignamente as alterações. A endoscopia do trato digestivo superior (esôfago, inglúvio – exceto em Strigiformes, proventrículo e ventrículo) pode ser uma técnica eficiente, pois verifica diretamente as estruturas epiteliais do sistema digestório facilitando a análise clínica, a coleta de materiais e até mesmo como método terapêutico em casos de corpo estranho, esta é realizada com um endoscópio flexível, dirigível e fino que possui na extremidade uma micro câmera digital. Objetivou-se avaliar as estruturas do trato digestivo superior, visto que há poucos relatos na literatura sobre avaliação endoscópica flexível em aves sob contenção física. O procedimento proposto mostrou-se plenamente eficaz na verificação das estruturas da mucosa dessas aves, que é uma técnica de fácil e rápida execução em aves de rapina adultas, fazendo com que essa metodologia seja aplicada a rotina de aves como método preventivo, diagnóstico e prognóstico nesses animais.