O fitoplâncton é uma comunidade aquática utilizada como bioindicador ambiental com função de destaque no estudo de ecossistemas aquáticos, e importante na avaliação de mudanças no meio ambiente e no funcionamento de reservatórios. Desta forma este trabalho tem o intuito de caracterizar a flora da comunidade fitoplanctônica das bacias do Rio São Francisco, Moxotó e ParaÃba, inseridas no Programa de Integração do rio São Francisco, que compreende reservatórios e rios da região semiárida do Nordeste brasileiro. As coletas foram realizadas, nessas bacias, no perÃodo de outubro de 2011 a agosto de 2012, com frequência trimestral. Como resultado verificou-se que a grande maioria dos parâmetros fÃsico-quÃmicos analisados, encontra-se acima do permitido pela Resolução CONAMA 357/2005. Em relação à comunidade fitoplanctônica, a divisão Chlorophyta apresentou o maior número de táxons, enquanto que a Cynophyta dominou em todo o perÃodo de estudo, com os maiores valores de densidade. As espécies Cylindrospermopsis raciborskii e Oscillatoria sp., foram dominantes em todo o perÃodo de estudo, o que merece atenção visto que, são potencialmente produtoras de toxinas, podendo gerar um grave problema de saúde pública.
