A tutorial for molecular dynamics simulations using Amber package
Orbital: The Electronic Journal of Chemistry
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ISSN: 19846428
Editor Chefe: Adilson Beatriz
Início Publicação: 28/02/2009
Periodicidade: Trimestral
Área de Estudo: Química
A tutorial for molecular dynamics simulations using Amber package
Ano: 2012 | Volume: 4 | Número: 3
Autores: Marcos Vinícius R. Garcia, Wivirkins N. Marciela, Roberto da Silva Gomes, Marcos Serrou do Amaral
Autor Correspondente: Marcos Vinícius R. Garcia | [email protected]
Autor Correspondente: Marcos Vinícius R. Garcia | [email protected]
Palavras-chave: doxycycline, qm/mm, educational, cluster
Resumos Cadastrados
Resumo Inglês:
In this paper we present a tutorial for performing molecular dynamics
calculations utilizing Amber package. Through it we explain the function of each step in a
theoretical work of MD, thus enabling the application of acquired knowledge to other systems
without many difficulties. For this tutorial, we simulated by MD and analyzed various
geometrical and structual parameters for doxycycline, a potent antimicrobial agent.
