Para investigar a similaridade em escala espacial e temporal da qualidade das águas da micro-bacia do pantanal do rio Negro empregou-se a análise de agrupamento e análise fatorial. As amostras simples de água foram coletadas em seis pontos (georreferenciados) nos anos de 2008 a 2012. Foram avaliados os seguintes parâmetros: oxigênio dissolvido (OD), potencial hidrogeniônico (pH), condutividade elétrica (CE), sólidos dissolvidos totais (SDT), sólidos sedimentáveis (SSd), turbidez (Tz), temperatura da água e do ar (T), metais. A redução dos dados pela análise por componentes principais resultou em três componentes, com valores próprios, os quais explicam até 89,9% da variância total, sendo a primeira componente com 31,2%, a segunda componente com 30,3 %, a terceira componente com 28,4. A variabilidade e das componentes pode ser usada para indicar o processo hidrodinâmico que controla a qualidade das águas, sem perda de características significativas. A análise de agrupamento hierárquico formou quatro grupos distintos, sendo determinantes os tipos e concentrações dos sais analisados. A qualidade de água da microbacia é influenciada, principalmente, por dois fatores: fontes pontuais de poluentes e a sazonalidade climática.
