AVALIAÇÃO DA PERFORMANCE DE DIFERENTES PLÁSTICOS USADOS PARA SELAR ARRANJOS DE CDNA EM NÁILON

Ano: 2009 | Volume: 33 | Número: Suplemento

Autores: Antônio Paulino da Costa Netto, Rodrigo Duarte Drummond, Juliana de Maria Felix, Renato Atílio Jorge, Marcelo Menossi

Palavras-chave: signal detection, nylon arrays, sensitivity

Resumo Português:

Os arranjos de cDNA são uma poderosa ferramenta para o estudo de padrões de expressão gênica. Os arranjos em membranas
de náilon apresentam ainda a vantagem de poderem ser reutilizados diversas vezes. Porém, um ponto bastante delicado em estudos
de expressão gênica em larga escala é a sensibilidade. No caso de arranjos em membranas de náilon, a detecção dos sinais pode ser
afetada pelo envoltório plástico utilizado para manter as membranas úmidas. Nesse estudo, nós avaliamos os efeitos de cinco tipos
de plásticos na transmissão radioativa detectada, no número de genes com sinal acima da emissão de fundo e na variabilidade dos
dados. O plástico produzido com polietileno com 69 m de espessura apresentou uma forte interferência na emissão radioativa,
bloqueando 68.7% do sinal detectado. Este bloqueio na transmitância diminuiu o numero de genes detectados e aumentou a variabilidade
dos dados. Outros plásticos mais finos tiveram resultados melhores. Apesar de plásticos feitos de cloreto de polivinilideno e cloreto
de polivinila (ambos com 13 m de espessura) e polietileno (29 e 7 m de espessura) terem diferentes níveis de transmitância, todos
apresentaram performances semelhantes nos testes realizados. Cloreto de polivinilideno e polietileno com 29 m de espessura foram
os plásticos escolhidos devido à facilidade de manuseio. Para outros tipos de plásticos, é recomendável realizar um teste de suas
performances antes de utilizá-los para envolver membranas de náilon, de forma a obter o máximo de informação dos experimentos com
arranjos de cDNA.

Resumo Inglês:

cDNA arrays are a powerful tool for discovering gene expression patterns. Nylon arrays have the advantage that they can be
re-used several times. A key issue in high throughput gene expression analysis is sensitivity. In the case of nylon arrays, signal
detection can be affected by the plastic bags used to keep membranes humid. In this study, we evaluated the effect of five types of
plastics on the radioactive transmittance, number of genes with a signal above the background, and data variability. A polyethylene
plastic bag 69 m thick had a strong shielding effect that blocked 68.7% of the radioactive signal. The shielding effect on transmittance
decreased the number of detected genes and increased the data variability. Other plastics which were thinner gave better results.
Although plastics made from polyvinylidene chloride, polyvinyl chloride (both 13 m thick) and polyethylene (29 and 7 m thick)
showed different levels of transmittance, they all gave similarly good performances. Polyvinylidene chloride and polyethylene 29
mm thick were the plastics of choice because of their easy handling. For other types of plastics, it is advisable to run a simple check
on their performance in order to obtain the maximum information from nylon cDNA arrays.